Das Konzept der Organisatoren des Kernberglaufs, von denen um 1977 einige zur „100-km-Laufszene“ der DDR gehörten, sah eine schrittweise Verlängerung der Königsstrecke bis auf 100 km vor. Wer die 50 km geschafft hatte, sollte im Jahr darauf die Genehmigung für 75 km bekommen. Wer diese erfolgreich bewältigte, sollte dann wieder ein Jahr später die 100 km laufen dürfen.
Gesamtleiter Heinrich Fricke (links) überreicht dem ältesten Teilnehmer 1978 und 1979, dem Jenaer Eduard Malcolm (Jg. 1895, 25km in 04:25:48) ein Ehrengeschenk.
Die Probleme bei der Findung einer organisatorisch machbaren 75-km-Strecke und die harsche Kritik des Deutschen Turn- und Sportbundes (DTSB), wortstark in der Zeitung „Sportecho“ vorgetragen, veranlasste das Organisationsteam, sich von dieser Idee bereits beim zweiten Kernberglauf zu verabschieden. Im Sportecho konnte man nachlesen:
„Der Bedarf, für Frauen Läufe ähnlicher Größenordnung und Männer von 100 km durchzuführen, ist gering und beschränkt sich bei allen Gelegenheiten dieser Art auf den gleichen Personenkreis… Wir (DTSB) nehmen dazu Stellung, weil am Wochenende ein jüngstes Beispiel bekannt wurde. Die lobenswerte Initiative, immer mehr Veranstaltungen auf die Beine zu stellen, wollen wir den Jenaer Organisatoren um Dr. Kremer nicht versagen.
Der Begründung für den neuen „Kernberglauf“, daß er „eine Lücke im Wettbewerbssystem der Laufbewegung“ schließe, können wir jedoch nicht folgen, wenn es im Grunde genommen um eine Vorstufe von überlangen Läufen und nicht um die Befriedigung allgemeiner Lauf-Bedürfnisse geht. Man lief in diesem Jahr (neben 25 km) „nur“ 50 km, da „Startbedingung für die Teilnahme an der 75-km-Strecke die Teilnahme am 50-km-Lauf des Vorjahres ist.“ Geplant sind schließlich 100 km! Und da meinen wir: Wir haben schon zahlreiche Läufe zwischen 50 und 100 km für jene, die sich unbedingt daran erproben wollen. Wir haben aber noch nicht genügend Läufe auf 10- und 20-km-Distanzen für die große Masse der Laufbewegung. Die organisatorische und materielle Kraft auf fünf 20-km-Läufe verteilt ist uns lieber, als ein weiteres Rennen über 100 km!“
Nach der Wende, nahm der Autor des obigen Artikel Manfred Seifert noch einmal in dem Buch „Ruhm und Elend des DDR-Sports“ zu seiner, ganz offensichtlich mit der DDR-Sportführung um Manfred Ewald abgestimmten Äußerung von 1977 entschuldigend Stellung. Ihm ginge es dabei weniger um eine Disziplinierung der Laufbewegung in Jena, als darum eventuelle Fehlentwicklungen beim Langstreckenlauf zu verhindern.
Eine größere Auswirkung hatte der Artikel bei den Organisatoren nicht. Sie hatten zu diesem Zeitpunkt selber erkannt, dass bereits die „50-Kilometer“ organisatorisch einen hohen Aufwand mit sich brachte und das vorhandene Gelände eine weitere Ausdehnung sehr schwierig machte. Die 50 Kilometerstrecke wurde bis 1980 beibehalten. Durch Streckenänderungen und genauere Messungen war sie 1980 allerdings „nur“ noch 48 Kilometer lang. Bedingt durch umfangreiche Forstarbeiten in den Wäldern auf der Wöllmisse verkürzte das Organisationsteam um Gesamtleiter Heinrich Fricke und seine beiden Stellvertreter Dr. Rolf Schoder und Gernot Herrmann die lange Strecke zum 5. Jenaer Kernberglauf kurzfristig auf 40 Kilometer.
In der Auswertung des Laufs stellten man dann fest, dass die 40 Kilometer weit aus einfacher zu organisieren waren. Im Ergebnisheft des 5. Kernberglaufs kann man dann auch noch lesen, dass viele Läufer sich positiv zur Kürzung geäußert hatten. Weiter heißt es: „Wir wollen damit den Volkssportcharakter des Kernberglaufs wahren und wünschen uns, daß ein Teil der „Kurzstreckler“ (25km) auf die 40 km-Strecke überwechselt und damit das Teilnehmerfeld über 25 km etwas entlasten hilft…“ Dieser Wunsch ging allerdings nicht in Erfüllung. Die Zahl der Läuferinnen und Läufer, die die Königsstrecke absolvierten, lag bis 1988 immer um 200, während die kurze Strecke 1985 fast an die 1000 Teilnehmer herankam.
1989, kurz vor der politischen Wende in der DDR, gab es einen ersten deutlichen Teilnehmerrückgang auf insgesamt 750. 1990 und 1991 wurde aus verschiedenen Gründen, die später mal untersucht werden sollen, nur noch die kurze Strecke über 25 Kilometer angeboten. 1991 waren nicht mal 300 Läuferinnen und Läufer beim Kernberglauf am Start. Eine neue Organisationsleitung musste gebildet werden, da einige Hauptakteure durch berufliche Veränderungen keine Zeit mehr für die umfangreiche ehrenamtliche Arbeit aufbringen konnten oder von Jena weggezogen waren. Seit 1991 war Angela Nüske, die zeitweilig beim USV Jena eine „ABM-Stelle“ hatte, in die Organisation eingebunden und sogar Gesamtleiterin des Jenaer Kernberglaufs, bevor 1995 Dr. Peter Fuchs für ca. 10 Jahre „Chef“ wurde.
Ab 1992 griff das noch heute praktizierte Streckenkonzept mit einer ca. 15- und einer ca. 25-Kilometer langen Strecke. Die Teilnehmerzahlen stiegen dann kontinuierlich an. Inwieweit sich der Umzug des Kernberglaufs 1995 von der „Muskelkirche“ ins Universitätssportzentrum auf die Teilnehmerzahlen auswirkte ist spekulativ, auf jeden Fall hatten die Organisatoren der Abteilung Ausdauerlauf bessere Arbeitsbedingungen.
2001 wurde erstmals die Zahl von 1000 Teilnehmern wieder übertroffen. Dabei half auch der 1997 ins Programm aufgenommene Lockerlauf, der als Einsteigerlauf jedes Jahr etwa 100 Aktive an den Start bringt. Die Kinderläufe, die 1991 auf Anregung von Angela Nüske fester Bestandteil des Kernberglaufs sind, sind in den offiziellen Statistiken nicht berücksichtigt, ebenso wie der traditionelle Helferlauf, der um 1980 immer eine Woche vor dem Kernberglauf allen Organisatoren eine Startmöglichkeit mit Wertung bietet.